בתחילת השיחות על הסדר הקבע בשנת 1999 נהג הצוות הישראלי להדגיש את הקושי בחלוקת ירושלים "המאוחדת", תוך שרמז על קדושתה בגבולותיה המוניציפליים. תגובת הפלסטינים היתה כפולה, ראשית עקצו: "הסבירו לנו את קדושתם של צור באהר או כפר עקב במסורת היהודית". שנית, הוסיפו: "אתם צוות המשא ומתן חכמים מדי לחלוקת ירושלים — תביאו את אחד משוטרי מג"ב בירושלים, ותשאלו אותו איפה מציבים את המחסומים כאשר יש אלימות, הקו המתקבל הוא הצעתנו לחלוקת העיר".

השקט הביטחוני היחסי שליווה את השנתיים האחרונות במאה שעברה הקשה על נציגיה של ממשלת אהוד ברק להסכים עם הפלסטינים. הצעתו ה"נדיבה" ביותר של ברק בקמפ־דייוויד נוסחה כך: "הר הבית יהיה בריבונות ישראלית, עם סוג של משמורת פלסטינית ואישור תפילה ליהודים על ההר. בעיר העתיקה ערפאת יקבל ריבונות על הרובע המוסלמי ועל כנסיית הקבר הקדוש. אפשר גם את הרובע הנוצרי. הריבונות ברובעים היהודי והארמני היא ישראלית. השכונות המוסלמיות החיצוניות יעברו לריבונות פלסטינית, והפנימיות המוסלמיות, יישארו בריבונות ישראל". כלומר, ירושלים המזרחית בגבולותיה עד 1967 תישאר בריבונות ישראלית, ורק השכונות הערביות שסופחו לירושלים בשיכרון הניצחון אחרי מלחמת ששת הימים, יעברו לשליטת הפלסטינים.

רק האינתיפאדה השנייה שפרצה במלוא עוזה מיד לאחר מכן, הביאה את ברק לאמץ את החלופה הסבירה, רגע לפני הדחתו בידי אריאל שרון: "מדובר בפתרון יעיל, אבל לא מוחלט… הוא כולל שתי חומות בירושלים: האחת מדינית, סביב לעיר הרחבה, כולל מעלה אדומים גוש עציון וגבעת זאב. השנייה, ביטחונית, בין רוב השכונות הפלסטיניות לעיר המערבית, ובין השכונות הישראליות במזרח ירושלים לאגן הקדוש, עם מעברים מבוקרים בתוך העיר".

העובדה שירושלים ספגה כשליש מהפיגועים ומהנפגעים, לא לימדה את ממשלת שרון שתושבי מזרח ירושלים הפלסטינים הם חלק בלתי נפרד מהמאבק הלאומי להקמת מדינה פלסטינית שבירתה במזרח ירושלים. הליכוד שסיסמאות "ירושלים מאוחדת לנצח נצחים" ו"אסור לחלק את ירושלים" בפי שריו, הבטיח כי החומה שנבנתה היתה רק זו המדינית, וכללה בתוכה את רוב השכונות הערביות בניגוד לכל היגיון ביטחוני וחברתי.

החלת החוק הישראלי וסיפוחה של מזרח ירושלים לישראל אחרי המלחמה ב–1967, כבלו את ידיהם של שופטי בג"ץ בעתירות שהוגשו נגד תוואי החומה שהפריד בין פלסטינים ממקומות שונים, אך לא בינם לבין הישראלים. לא עזרו מצגות מפורטות שהראו כי בעת הסלמה מיקומה של החומה יקשה על כוחות הביטחון. גם העובדות המצביעות על כך שמזרח ירושלים משמשת בירה לא פורמלית לגדה המערבית, ומקיימת חיים נפרדים מהאוכלוסייה היהודית כמעט בכל תחום: חינוך, תחבורה, תעסוקה, אזורי סחר ובילוי — לא הועילו.

סיפוחה מחדש של מזרח ירושלים באמצעות חומת ההפרדה לא הביא לשינוי במדיניותה של ישראל כלפי תושבי העיר הפלסטינים. ישראל המשיכה לאחד את השטח, אך לא את התושבים, כפי שהסביר אהוד אולמרט: "גם הממשלה שאני עמדתי בראשה לא עשתה את כל מה שהיה צריך, כדי להפוך את ירושלים לעיר מאוחדת. אמנם השקענו בירושלים, אבל במודע השקענו בעיקר במערב העיר ובשכונות החדשות… ונמנענו מלהשקיע באזורים שאני חושב שבעתיד לא יהיו חלק מירושלים שתהיה בריבונות מדינת ישראל".

תובנה זו, שהנחתה את אולמרט ב–2008 להסכים לחלוקה של מזרח ירושלים, נעלמה מתודעתו של בנימין נתניהו. נשען על תמיכתם של יאיר לפיד, אלי ישי ונפתלי בנט בשמירה על ירושלים "המאוחדת", הוא סירב להעמיד בפני מזכיר המדינה האמריקאי ג'ון קרי, הצעות מדיניות ביחס לירושלים, והמשיך בניסיון כושל "לייהד" את מזרח ירושלים: בעשור האחרון לא חל גידול במספר היהודים במזרח ירושלים. לעומת זאת, מספר הפלסטינים עלה מ–69 אלף לכמעט 350 אלף, כ–40% מכלל אוכלוסיית העיר. אזהרתו של האלוף במיל' גיורא איילנד לשרון לפני עשור, כי "יש משמעות גדולה מתי נלך להסדר הקבע, רצוי שלא נגיע למצב שבו נלך להסדר קבע, כאשר מחצית מהתושבים בבירה הם פלסטינים", עומדת להתממש.

חברי ממשלתו של נתניהו לא הסתפקו בבנייה בשכונות היהודיות אלא חתרו לשינויים בהר הבית. בדו"ח לא רשמי שהופץ בשנה שעברה נכתב, כי "העימותים מתרחשים על רקע שינויים הדרגתיים אך משמעותיים, שנערכו בסידורי הכניסה להר הבית של מוסלמים: עלייה קבועה של יהודים… חלק ניכר מהם פעילים קבועים העולים להר מספר פעמים עם קבוצות שונות… לעלייה במספרים מתלווה גם נוכחות של חברי כנסת ושרים ישראלים, חלקם [ח"כ משה פייגלין ושר השיכון אורי אריאל] מקיימים ראיונות עיתונאיים בשטח ההר ו/או נותנים חסות לתפילת יהודים בקירבת כיפת הסלע ומסגד אל־אקצה — פעולות שהיו אסורות בעבר אך מתבצעות בפועל כעת בחסות משטרת ישראל".

עוד נכתב בדו"ח, כי ההוראות החדשות "לפיהן, תוך כדי נוכחות יהודים בתוך הר הבית אין מוסלמים מתחת גיל חמישים, גברים או נשים, מורשים להיכנס אליו", מחלקות בפועל "את זמני הכניסה להר הבית בין מוסלמים ויהודים", כך שבימי החול, א'־ה', בשעות הבוקר "נמנעה לחלוטין כניסת מוסלמים לשטח הר הבית".

החלטות הקבינט של נתניהו והצהרותיו לתקשורת מעידות, כי ממשלה זו והעומד בראשה לא למדו דבר ולא שכחו דבר. ניתן להחזיק בעמדה כי ירושלים ה"מאוחדת" תישאר בריבונות ישראל, אך עם עמדה זו אין מה לחלום על הסדר קבע המבוסס על פשרה עם הפלסטינים. אפשר רק לקוות, כי אמירתו של ראש העיר ירושלים המנוח טדי קולק, "הממשלה שלך, כולם שיכורים. יום אחד הם יתפכחו, אבל זה יהיה מאוחר מדי", לא תתממש.